2015. Rai Tre. Leonardo.

Perchè questo servizio scientifico è rilevante?

Science Alert è un magazine di scienza molto noto nell’ambiente e il 24 Marzo 2020 spiegava così il genoma del Sars Cov2:

Il coronavirus potrebbe essere una “chimera” di due diversi virus, suggerisce l’analisi del genoma.

Nel giro di poche settimane, abbiamo imparato molto su COVID-19 e sul virus che lo causa: SARS-CoV-2. Ma ci sono state anche molte voci.
E mentre il numero di articoli scientifici su questo virus è in aumento, ci sono ancora molte aree grigie per quanto riguarda le sue origini.
In quali specie animali si è verificato? Un pipistrello, un pangolino o un’altra specie selvatica? Da dove proviene? Da una grotta o una foresta nella provincia cinese di Hubei o altrove?

Nel dicembre 2019, 27 delle prime 41 persone ricoverate in ospedale (66 percento) hanno attraversato un mercato situato nel cuore della città di Wuhan, nella provincia di Hubei. Ma, secondo uno studio condotto presso l’ospedale di Wuhan, il primo caso umano identificato non ha frequentato questo mercato.

Invece, una stima della datazione molecolare basata sulle sequenze genomiche SARS-CoV-2 indica un’origine a novembre. Ciò solleva interrogativi sul legame tra questa epidemia di COVID-19 e la fauna selvatica.
Dati genomici

Il genoma SARS-CoV-2 è stato rapidamente sequenziato dai ricercatori cinesi. Si tratta di una molecola di RNA di circa 30.000 basi contenenti 15 geni, incluso il gene S che codifica per una proteina situata sulla superficie dell’involucro virale (per confronto, il nostro genoma è sotto forma di una doppia elica del DNA di circa 3 miliardi di basi di dimensioni e contiene circa 30.000 geni).

Analisi genomiche comparative hanno dimostrato che SARS-CoV-2 appartiene al gruppo dei Betacoronavirus e che è molto vicino a SARS-CoV, responsabile di un’epidemia di polmonite acuta che è apparsa nel novembre 2002 nella provincia cinese del Guangdong e poi si è diffusa in 29 paesi nel 2003.

Sono stati registrati 8.098 casi, di cui 774 decessi. È noto che i pipistrelli del genere Rhinolophus (potenzialmente diverse specie di grotte) costituivano il serbatoio di questo virus e che un piccolo carnivoro, lo zibetto di palma (Paguma larvata), potrebbe aver servito da ospite intermedio tra i pipistrelli e i primi casi umani.

Da allora, molti Betacoronavirus sono stati scoperti, principalmente nei pipistrelli, ma anche nell’uomo. Ad esempio, RaTG13, isolato da un pipistrello della specie Rhinolophus affinis raccolta nella provincia cinese di Yunan, è stato recentemente descritto come molto simile al SARS-CoV-2, con sequenze di genomi identiche al 96 percento.

Questi risultati indicano che i pipistrelli, e in particolare le specie del genere Rhinolophus, costituiscono il serbatoio dei virus SARS-CoV e SARS-CoV-2.

Ma come si definisce un serbatoio? Un serbatoio è una o più specie animali che non sono o non sono molto sensibili al virus, che ospiterà naturalmente uno o più virus.

L’assenza di sintomi della malattia è spiegata dall’efficacia del loro sistema immunitario, che consente loro di combattere troppa proliferazione virale.

Meccanismo di ricombinazione

Il 7 febbraio 2020, abbiamo appreso che un virus ancora più vicino alla SARS-CoV-2 era stato scoperto nella pangolina. Con il 99 percento della concordanza genomica riportato, ciò ha suggerito un serbatoio più probabile rispetto ai pipistrelli.

Tuttavia, uno studio recente in esame mostra che il genoma del coronavirus isolato dal pangolino malese (Manis javanica) è meno simile alla SARS-Cov-2, con solo il 90 percento della concordanza genomica. Ciò indicherebbe che il virus isolato nella pangolina non è responsabile dell’epidemia di COVID-19 che al momento infuria.

Tuttavia, il coronavirus isolato dalla pangolina è simile al 99 percento in una regione specifica della proteina S, che corrisponde ai 74 aminoacidi coinvolti nel dominio di legame del recettore ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2), quello che consente al virus di entrare cellule umane per infettarli.

Al contrario, il virus RaTG13 isolato dal pipistrello R. affinis è altamente divergente in questa regione specifica (solo il 77 percento della somiglianza). Ciò significa che il coronavirus isolato dalla pangolina è in grado di entrare nelle cellule umane mentre quello isolato dal pipistrello R. affinis non lo è.

Inoltre, questi confronti genomici suggeriscono che il virus SARS-Cov-2 è il risultato di una ricombinazione tra due diversi virus, uno vicino al RaTG13 e l’altro più vicino al virus della pangolina. In altre parole, è una chimera tra due virus preesistenti.

Questo meccanismo di ricombinazione era già stato descritto nei coronavirus, in particolare per spiegare l’origine della SARS-CoV. È importante sapere che la ricombinazione provoca un nuovo virus potenzialmente in grado di infettare una nuova specie ospite.

Perché si verifichi la ricombinazione, i due virus divergenti devono aver infettato contemporaneamente lo stesso organismo.

Due domande rimangono senza risposta: in quale organismo è avvenuta questa ricombinazione? (un pipistrello, una pangolina o un’altra specie?) E soprattutto, a quali condizioni ha avuto luogo questa ricombinazione?

Come avete potuto leggere ci sono diversi termini usati non a caso nel servizio di Leonardo che combaciano: Chimera – Corona Virus – Virus Ricombinato, oltre a tutte le somiglianze con gli effetti del virus sul corpo umano.

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