Ricerca : Ingegneria Inversa del Codice Sorgente del Vaccino BioNTech-Pfizer SARS-CoV-2

Uno studio abbastanza affascinante di Ingegneria Inversa per capire come funzionano e come possono fallire i vaccini… spiegato con la Mitologia e la Cosmogonia Norrena.

Questo studio spiega come esattamente il vaccino , e solo quello Pfizer Biontech in questo caso, agisce al fine di immunizzare il sistema e a quali condizioni.

Per come pare di capire il Vaccino Pfizer immunizza dall’aggressione della Proteina Spike, la proteina virulenta in grado di penetrare le nostre cellule, tuttavia il Virus Sars potrebbe rimanere latente se la proteina Spike collassasse andando a formare una struttura totalmente diversa, cioè non a punta, a quel punto si spera che il potere immunitario del vaccino, ossia gli eventuali anticorpi generati dal vaccino, possa resistere abbastanza a lungo nel sistema finchè i corpi virulenti “dormienti” saranno presenti.

Un pò come Odino e i suoi Einherjar vigilano sullo Jǫtunheimr, affinchè i giganti di ghiaccio rimangano confinati nella loro solitudine….senza causare morti e danni a Midgard, la Terra.

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Berthub.EU:

Ora, queste parole possono essere un po’ stridenti: il vaccino è un liquido che viene iniettato nel tuo braccio. Come possiamo parlare di codice sorgente?

Questa è una buona domanda, quindi iniziamo con una piccola parte del codice sorgente del vaccino BioNTech / Pfizer, noto anche come BNT162b2, noto anche come Tozinameran noto anche come Comirnaty.

Primi 500 caratteri dell’mRNA BNT162b2. Fonte: Organizzazione mondiale della sanità

 

Il vaccino mRNA BNT162b ha questo codice digitale al centro. È lungo 4284 caratteri, quindi starebbe in un mucchio di tweet. All’inizio del processo di produzione del vaccino, qualcuno ha caricato questo codice su una stampante DNA (sì), che poi ha convertito i byte sul disco in vere e proprie molecole di DNA.

Una stampante Codex DNA BioXp 3200 DNA

 

Da una macchina del genere escono piccole quantità di DNA, che dopo molte elaborazioni biologiche e chimiche finiscono come RNA (ne parleremo più avanti) nella fiala del vaccino. Una dose di 30 microgrammi risulta contenere effettivamente 30 microgrammi di RNA. Inoltre, c’è un intelligente sistema di confezionamento dei lipidi (grassi) che porta l’mRNA nelle nostre cellule.

L’RNA è la versione volatile della “memoria di lavoro” del DNA. Il DNA è come la memoria flash drive della biologia. Il DNA è molto resistente, ridondante internamente e molto affidabile. Ma proprio come i computer non eseguono il codice direttamente da un’unità flash, prima che accada qualcosa, il codice viene copiato su un sistema più veloce, più versatile ma molto più fragile.

Per i computer, questa è la RAM, per la biologia è l’RNA. La somiglianza è sorprendente. A differenza della memoria flash, la RAM si degrada molto rapidamente a meno che non si tenda amorevolmente a farlo. Il motivo per cui il vaccino mRNA Pfizer / BioNTech deve essere conservato nel più profondo dei congelatori è lo stesso: l’RNA è un fiore fragile.

Ogni carattere RNA pesa nell’ordine di 0,53 · 10⁻²¹ grammi, il che significa che ci sono 6 caratteri · 10¹⁶ in una singola dose di vaccino da 30 microgrammi. Espresso in byte, si tratta di circa 25 petabyte, anche se va detto che si tratta di circa 2000 miliardi di ripetizioni degli stessi 4284 caratteri. Il contenuto informativo effettivo del vaccino è di poco più di un kilobyte. SARS-CoV-2 stesso pesa circa 7,5 kilobyte.

Il più breve Background

Il DNA è un codice digitale. A differenza dei computer, che utilizzano 0 e 1, la vita utilizza A, C, G e U / T (i “nucleotidi”, “nucleosidi” o “basi”).

Nei computer memorizziamo lo 0 e l’1 come (assenza) di carica, o come corrente, come transizione magnetica, o come tensione, o come modulazione di un segnale, o come cambiamento di riflessività. O in breve, lo 0 e l’1 non sono una sorta di concetto astratto: vivono come elettroni e in molte altre incarnazioni fisiche.

In natura, A, C, G e U / T sono molecole, immagazzinate come catene nel DNA (o RNA).

Nei computer, raggruppiamo 8 bit in un byte e il byte è l’unità tipica di dati elaborati.

La natura raggruppa 3 nucleotidi in un codone e questo codone è l’unità tipica di elaborazione. Un codone contiene 6 bit di informazioni (2 * 3).

Finora abbastanza digitale. In caso di dubbio, vai al documento dell’OMS con il codice digitale per vedere di persona.

Ulteriori letture sono disponibili qui: questo link (“Cos’è la vita”) potrebbe aiutare a dare un senso al resto di questa pagina. Oppure, se ti piacciono i video, ho due ore per te.

 

Quindi cosa fa quel codice?

L’idea di un vaccino è insegnare al nostro sistema immunitario come combattere un patogeno, senza che ci ammaliamo davvero. Storicamente questo è stato fatto iniettando un virus indebolito o inabilitato (attenuato), più un “adiuvante” per spaventare il nostro sistema immunitario in azione. Questa era una tecnica decisamente analoga che coinvolgeva miliardi di uova (o insetti). Inoltre ha richiesto molta fortuna e molto tempo. A volte veniva utilizzato anche un virus diverso (non correlato).

Un vaccino a mRNA ottiene la stessa cosa (“educare il nostro sistema immunitario”) ma in un modo simile al laser. E intendo questo in entrambi i sensi: molto ristretto ma anche molto potente.

Quindi ecco come funziona. L’iniezione contiene materiale genetico volatile che descrive la famosa proteina “Spike” SARS-CoV-2. Attraverso mezzi chimici intelligenti, il vaccino riesce a portare questo materiale genetico in alcune delle nostre cellule.

Questi quindi iniziano doverosamente a produrre proteine ​​SARS-CoV-2 Spike in quantità abbastanza grandi da far entrare in azione il nostro sistema immunitario. Di fronte alle proteine ​​Spike e ai segni rivelatori che le cellule sono state rilevate, il nostro sistema immunitario sviluppa una potente risposta contro molteplici aspetti della proteina Spike E del processo di produzione.

E questo è ciò che ci porta a un vaccino efficiente al 95%.

Il codice sorgente!

Cominciamo dall’inizio, un ottimo punto di partenza. Il documento dell’OMS ha questa immagine utile:

Questa è una sorta di sommario. Inizieremo con il “berretto”, rappresentato in realtà come un cappellino.

Proprio come non puoi semplicemente inserire i codici operativi in ​​un file su un computer ed eseguirlo, il sistema operativo biologico richiede intestazioni, ha linker e cose come convenzioni di chiamata.

Il codice dello staff vaccinale rts con i seguenti due nucleotidi:

GA

Questo può essere paragonato molto a ogni eseguibile DOS e Windows che inizia con MZ, o agli script UNIX che iniziano con # !. Sia nella vita che nei sistemi operativi, questi due personaggi non vengono eseguiti in alcun modo. Ma devono essere lì perché altrimenti non succede nulla.

Il “tappo” dell’mRNA ha una serie di funzioni. Per uno, contrassegna il codice come proveniente dal nucleo. Nel nostro caso ovviamente no, il nostro codice proviene da una vaccinazione. Ma non abbiamo bisogno di dirlo alla cellula. Il cappuccio fa sembrare il nostro codice legittimo, il che lo protegge dalla distruzione.

I primi due nucleotidi GA sono anche chimicamente leggermente diversi dal resto dell’RNA. In questo senso, il GA ha dei segnali fuori banda su di esso.

La “regione dei cinque primi non tradotti”

Un po ‘di gergo qui. Le molecole di RNA possono essere lette solo in una direzione. In modo confuso, la parte in cui inizia la lettura è chiamata 5 “o” cinque numeri primi “. La lettura si ferma all’estremità 3 ‘o tre primi.

La vita consiste di proteine ​​(o cose fatte dalle proteine). E queste proteine ​​sono descritte nell’RNA. Quando l’RNA viene convertito in proteine, questo viene chiamato traduzione.

Qui abbiamo la 5 ‘regione non tradotta (‘ UTR ‘), quindi questo bit non finisce nella proteina:

GAAΨAAACΨAGΨAΨΨCΨΨCΨGGΨCCCCACAGACΨCAGAGAGAACCCGCCACC

Qui incontriamo la nostra prima sorpresa. I caratteri normali dell’RNA sono A, C, G e U. U è anche noto come “T” nel DNA. Ma qui troviamo un Ψ, cosa sta succedendo?

Questo è uno degli aspetti eccezionalmente intelligenti del vaccino. Il nostro corpo gestisce un potente sistema antivirus (“quello originale”). Per questo motivo, le cellule sono estremamente poco entusiaste dell’RNA estraneo e si sforzano di distruggerlo prima che faccia qualsiasi cosa.

Questo è un po ‘un problema per il nostro vaccino: deve superare il nostro sistema immunitario. In molti anni di sperimentazione, si è scoperto che se l’U in RNA viene sostituita da una molecola leggermente modificata, il nostro sistema immunitario perde interesse. Davvero.

Quindi nel vaccino BioNTech / Pfizer, ogni U è stata sostituita da 1-metil-3’-pseudouridilile, indicato con Ψ. La cosa davvero intelligente è che, sebbene questa sostituzione Ψ plachi (calma) il nostro sistema immunitario, è accettata come una normale U da parti rilevanti della cellula.

Nella sicurezza informatica conosciamo anche questo trucco – a volte è possibile trasmettere una versione leggermente corrotta di un messaggio che confonde firewall e soluzioni di sicurezza, ma che è ancora accettata dai server backend – che può quindi essere hackerata.

Come con altre ricerche scientifiche fondamentali di cui stiamo ora raccogliendo i frutti, gli scopritori di questa tecnica hanno dovuto lottare per ottenere il finanziamento del loro lavoro e poi accettarlo. Dovremmo essere tutti molto grati e sono sicuro che i premi Nobel arriveranno a tempo debito.

Ok, torniamo al 5 ‘UTR. Cosa fanno questi 51 personaggi? Come ogni cosa in natura, quasi nulla ha una funzione chiara.

Quando le nostre cellule hanno bisogno di tradurre l’RNA in proteine, questo viene fatto usando una macchina chiamata ribosoma. Il ribosoma è come una stampante 3D per le proteine. Ingerisce un filamento di RNA e in base a questo emette una serie di aminoacidi, che poi si piegano in una proteina.

Questo è ciò che vediamo accadere sopra. Il nastro nero in basso è l’RNA. Il nastro che appare nella parte verde è la proteina che si sta formando. Le cose che volano dentro e fuori sono amminoacidi più adattatori per adattarli all’RNA.

Questo ribosoma ha bisogno di sedersi fisicamente sul filamento di RNA affinché possa funzionare. Una volta seduto, può iniziare a formare proteine ​​basate sull’ulteriore RNA che ingerisce. Da questo, puoi immaginare che non sia ancora in grado di leggere le parti in cui si ferma per prime. Questa è solo una delle funzioni dell’UTR: la zona di atterraggio dei ribosomi. L’UTR fornisce il “lead-in”.

Oltre a questo, l’UTR contiene anche metadati: quando dovrebbe avvenire la traduzione? E quanto costa? Per il vaccino, hanno preso la maggior parte “adesso” UTR che potevano trovare, presa dal gene alfa globina. Questo gene è noto per produrre in modo robusto molte proteine. Negli anni precedenti, gli scienziati avevano già trovato modi per ottimizzare ulteriormente questo UTR (secondo il documento dell’OMS), quindi questo non è esattamente l’UTR alfa globina. È meglio.

Il peptide segnale della glicoproteina S.

Come notato, l’obiettivo del vaccino è far sì che la cellula produca quantità abbondanti della proteina Spike di SARS-CoV-2. Fino a questo punto, abbiamo riscontrato per lo più metadati e roba di “convenzione di chiamata” nel codice sorgente del vaccino. Ma ora entriamo nel vero territorio delle proteine ​​virali.

Tuttavia, abbiamo ancora un livello di metadati da utilizzare. Una volta che il ribosoma (dalla splendida animazione sopra) ha prodotto una proteina, quella proteina deve ancora andare da qualche parte. Questo è codificato nel “peptide segnale della glicoproteina S (sequenza leader estesa)”.

Il modo per vedere questo è che all’inizio della proteina c’è una sorta di etichetta dell’indirizzo, codificata come parte della proteina stessa. In questo caso specifico, il peptide segnale dice che questa proteina dovrebbe uscire dalla cellula attraverso il “reticolo endoplasmatico”. Anche il gergo di Star Trek non è così elegante!

Il “peptide segnale” non è molto lungo, ma quando guardiamo il codice, ci sono differenze tra l’RNA virale e quello del vaccino:

(Si noti che a scopo di confronto, ho sostituito la fantasia modificata Ψ con un normale RNA U)

3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
Virus: AUG UUU GUU UUU CUU GUU UUA UUG CCA CUA GUC UCU AGU CAG UGU GUU
Vaccino: AUG UUC GUG UUC CUG GUG CUG CUG CCU CUG GUG UCC AGC CAG UGU GUU
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

Quindi che sta succedendo? Non ho accidentalmente elencato l’RNA in gruppi di 3 lettere. Tre caratteri RNA formano un codone. E ogni codone codifica per un amminoacido specifico. Il peptide segnale nel vaccino è costituito esattamente dagli stessi amminoacidi del virus stesso.

Allora come mai l’RNA è diverso?

Ci sono 4³ = 64 codoni diversi, poiché ci sono 4 caratteri RNA e ce ne sono tre in un codone. Eppure ci sono solo 20 diversi amminoacidi. Ciò significa che più codoni codificano per lo stesso amminoacido.

Life utilizza la seguente tabella quasi universale per mappare i codoni dell’RNA agli amminoacidi:

La tabella dei codoni RNA (Wikipedia)

In questa tabella, possiamo vedere che le modifiche nel vaccino (UUU -> UUC) sono tutte sinonimi. Il codice RNA del vaccino è diverso, ma escono gli stessi amminoacidi e la stessa proteina.

Se guardiamo da vicino, vediamo che la maggior parte dei cambiamenti avviene nella posizione del terzo codone, indicata con un “3” sopra. E se controlliamo la tabella dei codoni universali, vediamo che questa terza posizione in effetti spesso non ha importanza per quale amminoacido viene prodotto.

Quindi, i cambiamenti sono anche sinonimo, ma allora perché ci sono? Guardando da vicino, vediamo che tutte le modifiche tranne una portano a più C e G.

Allora perché dovresti farlo? Come notato sopra, il nostro sistema immunitario ha una visione molto debole dell’RNA “esogeno”, il codice RNA proveniente dall’esterno della cellula. Per eludere il rilevamento, la “U” nell’RNA era già stata sostituita da una Ψ.

Tuttavia, risulta che anche l’RNA con una quantità maggiore di G e C viene convertito in modo più efficiente in proteine,

E questo è stato ottenuto nell’RNA del vaccino sostituendo molti caratteri con G e C, ovunque fosse possibile.

Sono leggermente affascinato dall’unico cambiamento che non ha portato a un’ulteriore C o G, la modifica CCA -> CCU. Se qualcuno conosce il motivo, per favore fatemelo sapere!

 

L’attuale proteina Spike

I successivi 3777 caratteri dell’RNA del vaccino sono similmente “codoni ottimizzati” per aggiungere molti C e G. Nell’interesse dello spazio non elencherò qui tutto il codice, ma ingrandiremo un bit eccezionalmente speciale. Questa è la parte che lo fa funzionare, la parte che effettivamente ci aiuterà a tornare alla vita normalmente:

* *
L D K V E A E V Q I D R L I T G
Virus: CUU GAC AAA GUU GAG GCU GAA GUG CAA AUU GAU AGG UUG AUC ACA GGC
Vaccino: CUG GAC CCU CCU GAG GCC GAG GUG CAG AUC GAC AGA CUG AUC ACA GGC
L D P P E A E V Q I D R L I T G
! !!! !! ! ! ! ! ! ! !

Qui vediamo i soliti cambiamenti dell’RNA. Ad esempio, nel primo codone vediamo che CUU è cambiato in CUG. Questo aggiunge un’altra “G” al vaccino, che sappiamo aiuta a migliorare la produzione di proteine. Sia CUU che CUG codificano per l’amminoacido “L” o leucina, quindi non è cambiato nulla nella proteina.

Quando confrontiamo l’intera proteina Spike nel vaccino, tutti i cambiamenti sono simili a questo .. tranne due, e questo è ciò che vediamo qui.

Il terzo e il quarto codone sopra rappresentano i cambiamenti effettivi. Gli amminoacidi K e V sono entrambi sostituiti da “P” o Prolina. Per “K” sono necessarie tre modifiche (“!!!”) e per “V” ne sono necessarie solo due (“!!”).

Si scopre che questi due cambiamenti migliorano enormemente l’efficienza del vaccino.

Allora cosa sta succedendo qui? Se guardi una vera particella SARS-CoV-2, puoi vedere la proteina Spike e, beh, solo un mucchio di punte:

Particelle del virus SARS (Wikipedia)

Le punte sono montate sul corpo del virus (“la proteina nucleocapside”). Ma il fatto è che il nostro vaccino genera solo i picchi stessi e non li stiamo montando su nessun tipo di corpo virale.

Si scopre che le proteine ​​Spike indipendenti e non modificate collassano in una struttura diversa. Se iniettato come vaccino, questo indurrebbe effettivamente il nostro corpo a sviluppare l’immunità … ma solo contro la proteina spike collassata.

E il vero SARS-CoV-2 si presenta con la spinosa Spike. Il vaccino non funzionerebbe molto bene in quel caso.

Quindi che si fa? Nel 2017 è stato descritto come mettere una doppia sostituzione della Prolina nel posto giusto avrebbe fatto sì che le proteine ​​SARS-CoV-1 e MERS S assumessero la loro configurazione di “pre-fusione”, anche senza far parte dell’intero virus. Questo funziona perché la Prolina è un amminoacido molto rigido. Agisce come una specie di stecca, stabilizzando la proteina nello stato che dobbiamo mostrare al sistema immunitario sistema.

Le persone che hanno scoperto questo dovrebbero andare in giro a darsi il cinque incessantemente. Dovrebbero provenire da loro una quantità insopportabile di compiacenza. E sarebbe tutto ben meritato.

(In realtà, molti di questi scienziati sono estremamente umili – semplicemente non saprei cosa fare di me stesso se avessi fatto una scoperta così importante!)

La fine della proteina, i prossimi passi

Se scorriamo il resto del codice sorgente, riscontriamo alcune piccole modifiche alla fine della proteina Spike:

V L K G V K L H Y T s
Virus: GUG CUC AAA GGA GUC AAA UUA CAU UAC ACA UAA
Vaccino: GUG CUG AAG GGC GUG AAA CUG CAC UAC ACA UGA UGA
V L K G V K L H Y T s s
! ! ! ! ! ! ! !

Alla fine di una proteina troviamo un codone “stop”, qui indicato con una “s” minuscola. Questo è un modo educato per dire che la proteina dovrebbe finire qui. Il virus originale utilizza il codone di arresto UAA, il vaccino utilizza due codoni di arresto UGA, forse solo per buona misura.

La Terza Regione Non Tradotta

Proprio come il ribosoma aveva bisogno di un po ‘di introduzione all’estremità 5’, dove abbiamo trovato la “regione cinque prime non tradotta”, alla fine di una proteina troviamo un costrutto simile chiamato 3 “UTR.

Si potrebbero scrivere molte parole sul 3 ‘UTR, ma qui cito ciò che dice Wikipedia: “La regione 3′ non tradotta gioca un ruolo cruciale nell’espressione genica influenzando la localizzazione, la stabilità, l’esportazione e l’efficienza di traduzione di un mRNA. nonostante la nostra attuale comprensione delle 3’-UTR, sono ancora misteri relativi ”.

Quello che sappiamo è che alcune 3’-UTR sono molto efficaci nel promuovere l’espressione delle proteine. Secondo il documento dell’OMS, il vaccino BioNTech / Pfizer 3’-UTR è stato scelto dal “potenziatore ammino-terminale dell’mRNA diviso (AES) e dall’RNA ribosomiale 12S codificato mitocondriale per conferire stabilità dell’RNA e alta espressione proteica totale”. A cui dico, ben fatto.

La fine di tutto ciò AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

La fine dell’mRNA è poliadenilata. Questo è un modo elegante per dire che finisce con un sacco di AAAAAAAAAAAAAAAAAAA. Anche l’mRNA ne ha avuto abbastanza del 2020, sembra.

L’mRNA può essere riutilizzato molte volte, ma quando ciò accade, perde anche alcuni degli A alla fine. Una volta che l’A è esaurito, l’mRNA non è più funzionale e viene scartato. In questo modo, la coda “poli-A” è una protezione dal degrado.

Sono stati condotti studi per scoprire qual è il numero ottimale di A alla fine per i vaccini a mRNA. Ho letto nella letteratura aperta che questo ha raggiunto il picco di 120 o giù di lì.

Il vaccino BNT162b2 termina con:

****** ****
UAGCAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAGCAUAU GACUAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAA

Questo è 30 A, quindi un “linker a 10 nucleotidi” (GCAUAUGACU), seguito da altri 70 A.

Sospetto che ciò che vediamo qui sia il risultato di un’ulteriore ottimizzazione proprietaria per migliorare ancora di più l’espressione delle proteine.

Riassumendo

Con questo, ora conosciamo l’esatto contenuto di mRNA del vaccino BNT162b2 e per la maggior parte delle parti capiamo perché sono presenti:

Il CAP per assicurarsi che l’RNA assomigli a un normale mRNA
Una regione non tradotta (UTR) 5 ‘ben nota e ottimizzata
Un peptide di segnale ottimizzato per il codone per inviare la proteina Spike al posto giusto (copiato al 100% dal virus originale)
Una versione ottimizzata per il codone del picco originale, con due sostituzioni “Proline” per assicurarsi che la proteina appaia nella forma corretta
Una regione non tradotta 3 ‘ben nota e ottimizzata
Una coda poli-A leggermente misteriosa con un “linker” inspiegabile dentro

L’ottimizzazione del codone aggiunge molto G e C all’mRNA. Nel frattempo, l’uso di Ψ (1-metil-3’-pseudouridilile) invece di U aiuta a eludere il nostro sistema immunitario, quindi l’mRNA rimane abbastanza a lungo in modo che possiamo effettivamente aiutare ad addestrare il sistema immunitario.

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